Berdasarkan Peraturan Bupati (PERBUP) Kabupaten Wonosobo Nomor 12 Tahun 2022 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi serta Tata Kerja Dinas Kesehatan Kabupaten Wonosobo, berikut Susunan Organisasi Dinas, terdiri dari:
a. Kepala Dinas;
b. Sekretariat, terdiri dari:
1. Sub Bagian Program, Informasi dan Kehumasan;
2. Sub Bagian Umum, Kepegawaian dan Keuangan.
c. Bidang Kesehatan Masyarakat;
d. Bidang Pencegahan dan Pengendalian Penyakit;
e. Bidang Pelayanan dan Sumber Daya Kesehatan;
f. UPTD;
g. Kelompok Jabatan Fungsional; dan
h. Kelompok Jabatan Pelaksana.